南北归宗
全真道的发展尽管有低谷，但并没有停滞。特别值得指出的是，元朝实现了南北统一，为原在北方的全真道提供了南传的条件，当然也为原在南方的道教南宗提供了北上的机会。最早进入黄河以南传道的全真道士是吉志通，他是陕西郃阳人。“师乔潜道及潘清容。博学多闻。后居武当山，十年不火食。”于中统甲子（1264）逝世。乔潜道是马钰弟子，吉志通即是马钰之再传。推其居武当山的时间，当在元宪宗时。比吉志通稍晚，武当山又有鲁大宥和汪真常相继成为全真道士，此后全真弟子日众，武当山遂成为全真道的重要据点。继武当山之后，全真道继续南传至苏、浙、闽、赣等地区，如居江苏仪征的李道纯（或谓居凤阳盱眙），居浙江杭州的徐弘道、丁野鹤、黄公望，居浙江黄岩委羽山的赵与庆，活动于江西、福建一带的金志扬、桂心渊，以及活动于江西、浙江、福建一带的李珏至陈致虚一系等。他们大多是南宗道士而加入全真道者。
全真道的南传，使原来互相隔绝、但却同源于钟吕金丹派的南、北二宗（南宗与全真道）增加了接触的机会。由此经过接触，彼此认同，逐渐产生了合为一宗的要求，特别是南宗更有回归全真道的愿望。为了使二宗合为一宗，必须对二宗原来各自尊祀的祖师传系作必要的研究，以便合宗后共同崇祀。这是二宗合并必不可少的工作。在这过程中，陈致虚是积极的推动者，他根据二宗已有的成说，在《金丹大要》和《金丹大要列仙志》中，提出了“五祖七真”的祖师系统，完成了二宗的合并。时间大约在元代中后期。
金丹派南宗作为一个独立的炼养道派的时间并不长，但影响较大。首先，它的内丹理论对全真道有较大影响，使全真道的内丹理论，在吸收南宗内丹成就后更加充实和完善；其次，促进了符箓派的改革，将内丹修炼引入斋醮活动中，一改旧符箓派只行符设法的传统。新出现的神霄、清微、净明等道派，也都以内炼成丹，外用成法为其宗旨；第三，南宗人留下了大批内丹专著，是中国优秀文化的组成部分，对气功学、医学，以及人体科学的发展有一定的贡献
五祖三种含义
一、是指对全真道有产生极大影响力和做出极大贡献的五位祖师，他们分别是：太祖太上老君老子、始祖东华帝君王玄甫、教祖王重阳帝君、宗祖丘处机真君、中兴之祖王常月真人。
二、是指全真道北宗的五位祖师，该派尊王玄甫、钟离权、吕洞宾、刘海蟾、王重阳，为全真五祖，世称“北五祖”。
三、是指全真道南宗的五位祖师。该派尊奉张伯端、石泰、薛式、陈楠、白玉蟾，为全真五祖，世称“南五祖。